AlphaFold 3 étend ses prédictions aux interactions entre molécules
En 2024, Google DeepMind et Isomorphic Labs présentent dans Nature une version d'AlphaFold qui modélise les protéines avec l'ADN, l'ARN et les petites molécules.
Les versions précédentes d'AlphaFold prédisaient la forme d'une protéine isolée. AlphaFold 3, décrit dans l'article « Accurate structure prediction of biomolecular interactions with AlphaFold 3 », prédit la structure de complexes associant protéines, acides nucléiques, ligands et ions.
Le modèle adopte une architecture fondée sur la diffusion, proche de celle des générateurs d'images. Selon les auteurs, il dépasse nettement les outils spécialisés pour prédire la fixation de petites molécules sur des protéines, une question centrale pour la conception de médicaments.
La publication a d'abord suscité des critiques, le code n'étant pas diffusé. DeepMind a ensuite rendu le modèle accessible aux chercheurs universitaires.